入境動物需要辦理的檢驗檢疫手續主要有四個方面：
一是辦理檢疫審批。對輸入或過境運輸動物、動物產品必須提前辦理檢疫審批手續，取得進境許可證，以防止進口企業不了解國外疫情和我國法律的具體規定，盲目進口，在貨物抵達口岸時因違法違章而被退貨或者銷毀，造成經濟損失。檢疫審批實行兩級審批制度：地方檢驗檢疫局預審和國家質量監督檢疫總局終審。兩級審批制度的實施可以有效降低了帶疫貨物入境的幾率，避免企業不必要的經濟損失。
二是辦理境外預檢。對進境種用動物，派出專家到輸出國了解產地疫情情況，監督輸出國嚴格執行雙方簽訂的動物健康議定書，是進境動物檢疫工作中一項非常重要的措施，對防止動物疫病疫情傳入起到了非常積極、有效的作用。目前該項措施已逐漸引申到其他高風險、敏感動物產品。
三是辦理檢疫報檢。對進境或過境的動物、動物產品必須向出入境檢驗檢疫機關報檢。對報檢單證的審核是貨物入境查驗的第一關，地方格檢驗檢疫機構制定了嚴格的報檢規定和程序。通過對許可證和國外官方檢疫證書的審核，杜絕不符合規定的貨物通關入境。
四是辦理現場檢疫和隔離檢疫。對進境動物、動物產品實施檢疫是整個動物檢疫的主要環節。在貨物抵達進境口岸時檢疫人員登
機、登船或到貨物停放地進行現場檢疫，通過核對貨證、查驗運輸記錄、現場檢查和實施防疫消毒處理，將不合格貨物阻截于國門之外。對輸入動物的，通過現場檢疫不能完全確定貨物是否帶疫，還將實施隔離檢疫，必要時按規定抽樣進行實驗室檢疫，使通過進境動物傳播疫病疫情的風險降至最低。
另外，檢驗檢疫機構還對入境的動物進行檢疫監督，它是動物檢疫的延續，對雖經檢疫但仍然存在傳播疫病疫情風險的某些動物、動物產品，有必要對其進境后的生產、加工、存放過程實行檢疫監督。通過對生產、加工、存放單位實行注冊登記制度、控制加工流程、建立健全防疫體系和管理體系等，確保進境動物、動物產品的安全衛生。
最后，檢驗檢疫機構還對經檢疫不合格的動物進行檢疫處理，采取強制性處理措施如除害、撲殺、銷毀、退回等手段，有效阻止帶有疫病疫情的貨物入境或造成疫情傳播。
下面以進口澳大利亞奶牛為例說明：我國的奶牛進口實行進口檢疫許可證管理，種牛進口實行審批管理。種牛進口審批根據《種畜禽管理條例》和《種畜禽管理條例實施細則》，進口種牛需獲得農業部畜牧獸醫局許可，并可免收進口稅。進口檢疫許可根據《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》規定，在簽訂貿易合同之前，進口商或接收單位應向質檢總局提出申請，辦理進口奶牛檢疫審批手續。通過審批并獲得相關的進境檢疫許可證后才能派出獸醫進行奶牛檢疫貿易。辦理獸醫派遣手續和申請進境檢疫許可證進口代理公司應出口商發出的邀請辦理兩名獸醫派遣手續，并向國家質檢總局申請進境種牛檢疫許可證；進口代理公司與國外出口商商簽奶牛購買合同，在簽訂購買合同后開具信用證給出口商指定銀行；選牛進口單位派專人到牧場選牛，通常選派5~7人分成兩組各走不同路線選牛，每組一般包括進口商代表1人，獸醫和翻譯各1人；牧場檢疫根據檢驗檢疫機構的要求，被
選中的奶牛在運往隔離場的2周~3周之前需要在原牧場進行初次抽血檢疫，每次檢疫需要4天才能完成；隔離檢疫通過牧場檢疫的奶牛被送往中心隔離場再次檢疫，為期至少30天；奶牛在入境時要按檢驗檢疫機構有關規定進行現場檢疫和隔離檢疫。
入境檢疫根據《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》，進口奶牛時必須按規定履行入境檢疫手續。
有關步驟如下：
（1）報檢在奶牛抵達口岸前，貨主或其代理人須按規定向口岸檢驗檢疫機關報檢。
（2）現場檢疫進口奶牛抵達入境口岸時，由檢疫人員進入運輸工具現場檢疫。
（3）隔離檢疫進境奶牛須在動物隔離場進行隔離檢疫。隔離期為45天。
（4）檢疫放行和處理檢疫工作完畢后，口岸檢驗檢疫機關對檢疫合格的奶牛出具《動物檢疫證書》和相關單證，準許入境。
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