主要原則
為了實施多種貿易政策措施，特別是征收從價稅，需要對商品的價值加以評估。進口商應繳納此類關稅的金額取決于關稅稅率和對進口商品的估價。為此，總協議的起草人在第六條中出于關稅的原因規定了數種可能的估價方法，但是，總協定第七條允許成員國自由選用差異甚大的商品估價方法。《海關估價協議》旨在就第六條各款的應用規定一些規則，從而提高各款貫徹實施的統一性和確定性。該協議的目的是制定一項公平、統一和中性的海關對商品的估價制度，既符合商業實踐的要求，又可避免武斷或虛構的海關估計。
適用范圍
本協議適用于海關對進口商品征收從價稅的商品的估價。它并未規定出口關稅的征收或依據商品價值實行配額管理時也有義務采用這種估價方法（但總協定第七條本身對此規定了義務），也未規定征收國內稅或外匯管制時有義務采用這種估價方法，然而，并不妨礙協議各方自愿將協議中的每種估價方法用于上述各種目的。
可供使用的估價方法
本協議規定了6種海關商品估價方法，海關在使用這些方法時，應嚴格遵守下列順序：只有當按照第一種方法無法有效地作出估價時，方可使用第二種方法，其后幾種亦是如此（順序遵守的規定也有一個例外，即當進口商提出要求時，可以顛倒第四種和第五種方法的順序，然而，各發展中成員國可以規定前述進口商的選擇要求必須得到海關的批準）。
六種方法如下：
第一種方法：交易價值。
本方法是協議規定的海關估價的基本方法，應盡量廣泛地加以運用。交易價值，是指商品出口至進口國時實際支付或應支付的價格（這常常就是發票上的價格，但并非一定如此），但需經一些具體調整。只有當交易滿足數項條件時，本方法才適用。其中一項條件涉及買方和賣方相互關聯的情況。根據本協議，買賣雙方相互關聯本身并不能構成不接受交易價值的理由，只要雙方的關系并不影響價格，那么，交易價值仍可接受。本協議提供其它可供選擇的方法，借此可以建立：
——海關當局審查銷售方面的情況，如有必要可同進口商進行對話。
——進口商可證明有待估價的商品的交易價值非常近似于以前已為海關當局所接受的相同或相似的商品的海關估價（“標準估計”）。
第二種方法：相同商品的交易價值。
海關估價依據當時對相同商品在相同或大致相同的時間出口到同一進口國的交易價值予以確定。如有必要，可針對商業規模以及或數量的大小作適當的調整。
第三種方法：相似商品的交易價值。
除相似商品而不是相同商品的交易價值用于海關估價的依據外，此種方法與第二種估價方法完全一樣。
第四種方法：扣除法。
估價是通過對該商品或相同或相似商品在進口國銷售給不相關的購買者時的單位價值作出一定程度的扣除決定。此種方法的變種是采用進口商品在進口國加工后用于出售實現的價格；在此種情況下還要扣除進一步加工的增值部分。這一變種僅在應進口商的請求之下方能使用（那些已利用本協議提供給它們的，無論進口商是否已作出請求可選擇適用本變種方法的發展中國家除外）。
第五種方法：估算價值。
采用此方法，海關估價包括生產成本及某些其它規定的額外費用，如潤和一般費用的總和。
第六種方法：順序類推法。
如果用上述任何方法都不能確定海關估價，應通過采用與本協議的原則或總協定第七條相符的合理方法在進口國可得到信息的基礎上加以確定。
禁止使用的估價方法
海關估價無論如何不得依據下述方法加以確定：
進口國生產的商品在本國的銷售價格；
可供海關從兩種可選擇的估價中選用較高的估價制度；
出口國國內市場的商品價格；
除已確定的進口商品的估算價值，或在采用順序類推法已確定的與上述3.5所列條款相符的相同或相似產品的估算價值以外的其它生產成本；
出口到除進口國以外其它國家的商品價格；
最低海關估價；或武斷的或虛假的估價。
進口前的運輸、保險等費用的處理。
本協議允許由各方自行規定將下述費用全部或部分包括或排除在海關估價價值之內（外）：
進口商品運送到進口港或進口地區的運輸費用；
有關裝卸費、手續費；和保險費。
這意味著簽約方可自行選擇采用出廠價、離岸價或到岸價的方式來實施本協議。
海關估價的其它規則
與本協議海關估價其它規則有關的問題如下：
——貨幣兌換的匯率；
——為估價目的而規定的機密性資料；
——公布法律、法規、司法規則及行政規章；
——如最后確定價值有所延誤，進口商有權從海關提取其貨物；
——進口商有權獲得對其貨物如何予以確定海關估價的書面解釋；
——進口商有權對估價確定提出申訴。
海關當局的權利
本協議明確規定協議中的任何內容都不應被理解為限制或懷疑海關當局有權為海關估價的目的查清所提出的任何陳述、單證或申報單的真實性或準確性。
特殊及差別待遇
本協議及其議定書（被視為本協議不可分割的一部分）包括有對發展中國家的特殊及差別待遇條款。可供發展中國家采用的使其海關當局能夠使進口商在顛倒扣除法與推算價值法的順序以及采用扣除法的變種方面，海關當局可以取消進口商正常享有的權利，這些特殊可能性業已提及（分別見上述13及3.4款）。
有關特殊及差別待遇的其它條款如下：
推遲適用
發展中國家可在本協議生效之日起不超過五年的期限內，推遲適用本協議的條款。如果這一推遲被證明還不夠，還可請求再延長，只要能提出充分理由，本協議各方將對此項請求予以同情考慮，這一點應為各方所理解。此外，發展中國家可在適用本協議所有其它條款之后不超過三年的期限內推遲適用有關推算價值法的條款。
官方規定的最低價值
依據官方規定的最低價值估價商品的發展中國家可做出保留，以使其能在可能經本協議各方一致同意的條件下，在一段有限的過渡期間保留此類估價方法。
技術援助
發達國家經發展中國家請求應向其提供技術援助。
獨家代理商、獨家批發商以及獨家特許權轉讓人本協議各方一致同意，如在有關由適用本守則的發展中國家的獨家代理商、獨家批發商以及獨家特許權轉讓人經辦的進口做法中出現問題，在此類國家的請求下，應對此項問題予以研究，以尋求適當的解決途徑。
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