進出口商檢是由政府強制實施的行政行為，并且影響廣泛，直接關乎我國人民生命健康安全和生態環境、數百萬家企業、一半左右的進出口貿易額，在行政措施上“應該”屬于行政許可的一部分。但時至今日，國家有關部門仍未明確把進出口商檢納入《行政許可法》規范范疇。這或許也是目前商檢制度存在諸多問題的根本原因之一。
進出口商檢行為應屬于行政許可
2003年7月1日起實施的《行政許可法》明確規定對六種事項可以設定行政許可，其中第一項“直接涉及國家安全、公共安全、經濟宏觀調控、生態環境保護以及直接關系人身健康、生命財產安全等特定活動，需要按照法定條件予以批準的事項”，以及第四項“直接關系公共安全、人身健康、生命財產安全的重要設備、設施、產品、物品，需要按照技術標準、技術規范，通過檢驗、檢測、檢疫等方式進行審定的事項”，都可以作為進出口商檢實施的法定依據。
此外，《商檢法》規定“對列入種類表目錄的進出口商品實施強制性檢驗，未經檢驗或未經檢驗合格不準銷售、使用或進出口”的原則與行政許可的概念特征及性質功能也是符合的，所以進出口商品檢驗行為在行政措施上應該屬于行政許可。
既然進出口商品檢驗行為屬于行政許可，那它也就必須遵循行政許可的基本原則(合法，公開、公平、公正，便民，救濟，信賴保護，不可轉讓，監督)，必須按照設定、實施、監督檢查的程序和制度進行規范。也就是說，不屬于行政許可允許內容的事項，不應該列為商檢內容。
《行政許可法》第十二條第四項“直接關系公共安全、人身健康、生命財產安全的重要設備、設施、產品、物品，需要按照技術標準、技術規范，通過檢驗、檢測、檢疫等方式進行審定的事項”，以及《商檢法》對于商檢內容的規定，已經明確了商品品質、數量、重量、規格型號、包裝外觀等不屬于檢驗要求內容，不應該列入種類表目錄的檢驗內容之中。但實際上，現行種類表中，居然有高達57%的屬于商品常規性能檢驗。
另外，《行政許可法》第十三條規定，即使符合《行政許可法》第十二條要求，但仍可以通過其他方式予以規范的事項,可以不設行政許可，包括公民、法人或其他組織能夠自主決定的;市場競爭機制能夠有效調節的;行業組織或者中介機構能夠自律管理的;行政機關采用事后監督等其他行政管理方式能夠解決的。這既是為了充分利用市場和民間力量，節約行政成本，也是為了防止政府無限擴權，侵犯公民和企業權利。
進出口商檢種類表制定也必須遵循該條原則。特別是政府已經采用行政監督管理手段實施的商品類別,不應再重復列入種類表強制檢驗的范圍。例如，已經實施的進出口食品生產企業衛生注冊/登記制度，出口產品質量許可證制度(新《商檢法實施條例》中稱為“出口商品注冊登記管理”)，進出口化妝品生產企業衛生注冊登記管理制度，3C產品強制性認證制度,進口成套設備的監督管理制度(該項工作更確切的表述應是管理而不是檢驗)，出口危險貨物包裝容器許可證制度。
從技術管理角度來說，上述注冊、登記、許可監管制度已包括了生產體系的過程控制、實物產品的前期確認、對體系和實物的后續監管與抽查，這些控制條件下的商品風險已經大大低于對進出口商品的批次抽樣檢驗風險，因此,再列入種類表的強制性檢驗要求已無必要。但目前卻仍然作為種類表檢驗內容，而這種重復檢驗竟然占到了現行商檢種類表的50%以上。
進出口商檢技術規范缺失
《行政許可法》規定：“設定行政許可，應當規定行政許可的實施機關、條件、程序、期限”;“行政機關應當將法律、法規、規章規定的有關行政許可的事項、依據、條件、數量、程序、期限以及需要提交的全部材料的目錄和申請書示范文本等在辦公場所公示。申請人要求行政機關對公示內容予以說明、解釋的，行政機關應當說明、解釋，提供準確、可靠的信息”。因此，國家商檢部門在制定、調整必須實施檢驗的進出口商品目錄(種類表)時,不僅應公布種類表目錄，還應同時公布與種類表相配套的技術規范、標準、合格評定程序，以便正確、及時執行。但是，我國進出口商檢至今為止仍沒有完整的技術規范體系，超過一半的商品沒有明確適用的檢驗依據。
從公布時間來看，種類表和技術規范、標準應該做到不僅提前公布,而且應同步公布，否則仍會產生時差效果，難以保證公開和公正的要求。新《商檢法實施條例》規定“目錄應當至少在實施之日30日前公布”，“技術規范、標準以及檢驗方法的技術規范和標準，應當至少在實施之日6個月前公布”，但在實際工作中，很多技術規范公布時間不僅滯后于種類表，甚至干脆長期缺失。
不僅如此，在程序上，根據《行政許可法》第十九條規定，實施行政許可，特別是涉及公共利益的重大行政許可事項，必須在擬定階段由起草單位向社會進行公告并舉行聽證。
由于進出口商檢目錄種類和范圍廣泛，程序復雜，涉及資源配置與投入巨大，對人身健康、生態環境及進出口貿易等有著直接影響，因此不能不認為種類表設定是與公共利益有密切關系的重大國家行政行為。但《商檢法實施條例》僅規定“國家質檢總局制定、調整目錄時，應當征求國務院對外貿易主管部門、海關總署等有關方面的意見”，是不夠充分的，也是不妥的。因為這些部門雖然是貿易主管部門,但仍然是行政機關，不能完全代表公共利益，更不能代表進出口貿易相關人。因此種類表擬定過程中除征詢海關總署和商務部的意見外,還應舉行聽證會或論證會，征求社會各界代表及相關企業的意見。
此外，《行政許可法》規定：“本法施行前有關行政許可的規定，制定機關應當依照本法規定予以清理;不符合本法規定的，自本法施行之日起停止執行。”但是至今為止，國家質檢總局始終未表示過作為商檢主體行為的“進出口商品檢驗”是否屬于行政許可行為。2004年，質檢總局把現有45項檢驗檢疫方面行政審批項目上報國務院審改辦，結果保留42項，取消2項，改變管理方式1項，但其中并沒有涉及進出口商品檢驗項目。2005年12月1日新《商檢法實施條例》施行，國家質檢總局仍未表態進出口商品檢驗歸屬行政許可性質。
或許如此一來，進出口商品檢驗就可以規避《行政許可法》的約束，但是，這對于商檢依法行政，對于維護國家、消費者和企業利益，卻無論如何不是好事情。
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