進料加工作為加工貿易的一種流通方式， 它是指有進出口經營權的企業，用外匯購買進口原材料、元器件、零部件和包裝材料，經生產加工成成品或半成品返銷出口的業務。在稅收政策上，可以劃分為三個方面：進料加工復出口、視同進料加工（如：出口保稅區等）、進料深加工結轉。無論是生產型還是外貿型企業，進料加工政策執行中依據各自不同，在實際操作中應當把握好以下幾點：
一、生產企業進料加工的計算方法
生產企業進料加工的計算方法有兩種，一是實耗法；二是購進法。目前采用“實耗法”的比較多，兩者在稅收管理上各有利弊，它們的區別是：
（一）出具生產企業進料加工免稅證明的計算方法不同。
實耗法出具《生產企業進料加工貿易免稅證明》，是按當期單證齊全部分（含前期收齊單證）實際所耗用的進口料件計算組成計稅價格計算的，屬于估算實際耗用比例抵扣；采用“購進法”出具《生產企業進料加工貿易免稅證明》，是按當期或手冊全部購進的進口料件計算組成計稅價格計算的，屬于進料加工虛擬進項抵扣。
（二）實際操作中兩種方法的繁簡各異。
實耗計算法有利于監管，但是計算、操作時復雜，由于不能及時扣減當期出口貨物不予免征、抵扣和退稅的稅額，相對占用了出口企業的資金，實用于進料加工業務較大的出口企業。購進計算法操作簡便，減少出口企業資金占用，但是不便于管理。采用該辦法應當注意及時核銷已過返銷期的手冊，實用于進料加工中、小型的出口企業。
二、生產企業進料加工兩個抵減額的特殊填報
當期應納稅額=當期內銷貨物銷項稅額-（當期進項稅額-當期不予抵扣或退稅的稅額）
當期不予抵扣或退稅的稅額＝當期出口貨物離岸價×外匯人民幣牌價×（出口貨物征稅稅率－出口貨物退稅率）－免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額
免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額=免稅購進原材料價格×（出口貨物征稅稅率－出口貨物退稅率）
免抵退稅額=出口貨物離岸價×外匯人民幣牌價×出口貨物退稅率－免抵退稅抵減額
免抵退稅額抵減額=免稅購進原材料價格×出口貨物退稅率
生產企業進料加工主要涉及“免抵退稅不得免征、抵扣稅額抵減額”、“免抵退稅抵減額”兩個抵減額的計算。根據國稅發[2002]11號文件規定，在計算應納稅額時，若當“免抵退稅不得免征、抵扣稅額抵減額”大于“出口貨物不予免征、抵扣稅額（出口貨物銷售額乘征退稅率之差）時，”出口貨物不予免征、抵扣稅額“（出口貨物銷售額乘征退稅率之差）則按零填報，其差額結轉下期。若”免抵退稅抵減額“大于”當期免抵退稅額“ （出口貨物銷售額乘退稅率）時，則按零填報，其差額結轉下期。
三、外貿企業采用作價銷售方式的稅額抵扣
應退稅額=出口貨物的應退稅額-銷售進口料件的應抵扣稅額
銷售進口料件應抵扣稅額=銷售進口料件金額×抵扣稅率-海關已對進口料件實征的增值稅稅款
根據國稅發[2000]165號文件規定，在計算抵扣進口料件稅額時，凡進口料件征稅稅率小于或等于復出口貨物退稅稅率的，按進口料件的征稅稅率計算抵扣；凡進口料件征稅稅率大于復出口貨物退稅稅率的，按復出口貨物的退稅稅率計算抵扣。
四、外貿企業進料加工免稅證明退稅抵扣的時機
由于外貿企業進料加工免稅證明是在進料銷售時出具的，應按進料加工虛擬進項提前抵扣的方式，在出具該免稅證明的當期退稅申報中實現抵扣，不應在該筆進料復出口以后申報退稅時實現抵扣，以免出現出口單證較多退稅抵扣額抵扣對應不符的情況。
五、運往保稅區視同進料加工應當注意的問題
對于區外企業在保稅區內企業購進進料加工后復出口的，主要有兩種情況，一種是保稅區外企業從保稅區內企業購進海關監管的保稅進口料件經加工裝配后，直接復出口到境外的，可按現行進料加工政策辦理；另一種是保稅區外企業從保稅區內企業購進海關監管的保稅料件經加工裝配后，復出口到保稅區后報關離境的；根據國稅發[2000]165號文件規定，保稅區外的出口企業開展加工貿易，若進口料件是從保稅區內企業購進的，可按現行的進料加工和來料加工稅收政策執行。可是，這條規定與國稅函[1997]379號文件有沖突，“自1995年7月1日起，非保稅區運往保稅區的貨物不予退（免）稅”。筆者認為，從政策放寬角度而言，應當按國稅發[2000]165號執行，出口到保稅區內的業務應當辦理退（免）稅。
另外，保稅區外出口企業從保稅區內企業進料，加工后的貨物存放在保稅區內的倉儲企業，離境時由倉儲企業辦理報關手續的，保稅區外的出口企業可憑貨物進入保稅區的出口貨物報關單、倉儲企業的出口備案清單及其他規定的憑證，向稅務機關申請辦理退稅。
六、進料深加工結轉政策的把握
目前，現行進料深加工結轉與進料加工復出口雖然同為加工貿易的方式，但稅收政策不同，根據魯國稅發[2001]131號文件規定，外商投資企業以進料加工貿易方式加工貨物銷售給非外商投資企業出口的，或者生產企業的進口料件加工成品后不直接出口而是轉給其他生產企業再加工裝配后出口的，不實行“免、抵、退”稅辦法，須按照增值稅、消費稅的征稅規定征收增值稅、消費稅。另外，《國家稅務總局關于外商投資企業執行免抵退稅政策有關問題的通知》（ 國稅函 [1998]432 號 ） 第三條，對外商投資企業進料深結轉的免稅的企業范圍進行了重申，規定這一政策僅適用于 1993 年 12 月 31 日以前批準設立的外商投資企業。這就是現行“間接出口”貨物的稅收政策，即老外商投資企業之間的進料深加工結轉實行免稅政策，其他出口企業之間，（ 包括新、老外商投資企業之間、新外商投資企業之間、外商投資企業與外貿企業之間 ） 開展的業務，都應當視同內銷，照章征稅。從以上條文看，存在稅負不合理的問題。2004年國家稅務總局崔俊慧局長在第五次全國稅貿協作會議上強調，“解決多年來懸而未決的深加工結轉稅收管理問題，目的就是要在新的退稅機制框架下妥善解決各地執行不平衡的問題，促進此類業務的健康發展”，針對此情況，各地所執行的政策也不一樣。但從方便出口企業，合理稅負的方面著眼，可按掛帳處理，對國內結轉的上下游企業暫不征稅，最終出口環節的企業憑進料加工免稅證明辦理退（免）稅。
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