（一）外商投資企業的海關登記備案手續
依法批準設立并已領取營業執照的外商投資企業，應向企業所在地主管海關（企業所在地未設海關的，向管轄該地區海關業務的分管海關）辦理企業登記備案手續。登記備案時應提供以下資料：
1.外經貿部或其授權機構簽發的外商投資企業批準證書；
2.營業執照；
3.企業的合同章程及其有關主管部門的批準文件（外資企業僅提供企業章程及其批件）；
4. 其他有關資料（如項目建議書、可行性研究報告及其批復等）。
主管海關審核登記備案后，對資料齊全、合法、有效的，予以登記備案，發給《外商投資企業資產登記手冊》。
（二）進出口貨物的通關手續
外商投資企業除辦理上述登記備案外，還應按照海關對報關單位的規定，向主管海關辦理報關單位注冊登記手續。進出口貨物通關的基本程序請參閱本節的第一部分，其中：
1.外商投資企業進口屬于加工貿易項下的貨物，應提供主管海關核發的《登記手冊》；外商投資企業作為投資總額內進口的機器設備及其零部件，應由國家檢驗檢疫機構辦理外商投資財產價值鑒定，辦理進口報關手續時，應提供中國檢驗檢疫機構簽發的《外商投資財產價值鑒定報驗通知單》。
2.外商投資企業出口屬于加工貿易項下加工產品的，應提供主管海關核發的《登記手冊》；如屬于購買非本企業生產的產品出口的，應提供外經貿主管部門的批準文件。
3.已在海關辦理了登記備案的外商投資企業，其進口貨物如能享受國家有關減免稅優惠政策，應在貨物進口前，填寫企業蓋章的免稅申請表，到企業所在地主管海關辦理進口減免稅備案及審批手續。
(1)辦理減免稅應向海關提供以下材料：
①項目審批部門出具的《國家鼓勵發展的外資項目確認書》；
②項目主管部門審批的"企業進口貨物清單"；
③有關進口貨物的合同或發票；
④海關核發的《外商投資企業資產登記手冊》；
⑤其他有關材料。
(2)主管海關審核后，對已列入項目主管部門批準的"企業進口貨物清單"，符合國家對外商投資企業減免稅優惠政策的進口貨物，簽發《進口貨物征免稅證明》一式兩聯，并根據有關規定批注征免稅意見后，主管海關留存第一聯，其他一聯制作關封交申請企業，憑以向進境海關辦理進口手續。
(3)海關簽發的《進口貨物征免稅證明》是按一批進口貨物、一個進口口岸簽發的，如進口貨物為分批到貨或分口岸進口,則需分別申請辦理征免稅證明。
海關簽發的《進口貨物征免稅證明》的有效期為六個月，進口企業應在海關簽發之日起六個月內辦理進口貨物手續。如因特殊情況需延長期限，應經主管海關核準。
對《進口貨物征免稅證明》上海關簽署意見為"征稅"的進口貨物，進境地海關按規定征收進口關稅和進口環節稅后，放行貨物。對進口貨物正在辦理但尚未辦妥《進出口貨物征免稅證明》的，進境地海關予以按進口貨物應繳納稅款征收保證金后放行貨物，企業在三個月內補交《進口貨物征免稅證明》后予以退還保證金，逾期不補交的，進境海關將保證金轉為進口稅款征收入庫。
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