從我國目前的鑒定體制來看，醫療糾紛的鑒定主要有兩種方式：一是醫學會鑒定專家組進行的醫療事故技術鑒定即醫療鑒定；二是通過司法鑒定部門進行的因果關系鑒定即司法鑒定。由于二者的啟動程序、鑒定人員的組成、鑒定方式、鑒定內容不盡相同，必然導致兩種鑒定結論在訴訟中的“公信力”相差巨大，所以就二者之間的關系進行簡單的論述和比較。希望在患者及其家屬在明確各方面利弊的情況下，做出取舍和選擇，最大限度的維護自己的合法權益。
一、啟動程序不同
首先，應當說鑒定是一種“被動”的行為。它是鑒定組織應糾紛雙方或糾紛處理部門的要求，對糾紛中的一些專門性問題進行科學的分析、理性的判斷，最后得出結論性意見的行為。因此，任何鑒定都存在鑒定啟動的問題，即誰有權委托鑒定組織進行鑒定。根據《醫療事故處理條例》的規定，醫學鑒定由衛生行政部門委托或醫患雙方當事人共同委托兩種啟動方式。前者屬于行政鑒定，解決的是行政處理醫療糾紛中的專門性問題，即是否屬于醫療事故的問題和賠償調解問題。后者屬于自行委托的鑒定，其作用在于給雙方當事人一個“判定的標準”。
司法鑒定是獨立于自行委托鑒定和行政鑒定之外的一種鑒定。目前根據我國法律和相關司法解釋的規定，司法鑒定的啟動一般是由雙方當事人申請或法律服務機構申請，委托社會上依法設立的司法鑒定機構進行鑒定。司法機關對案件中的專門性問題認為需要鑒定的，也可以指令或直接委托專門司法鑒定機構進行鑒定。
因此，從比較醫療鑒定與司法鑒定的啟動程序可以看出，二者的啟動程序是不同的。由于司法處理是目前法制國家認同的所有糾紛最終救濟途徑，司法處理具有絕對的權威性。加之司法鑒定在啟動之前，雙方的醫療糾紛已經起訴至法院，法官對于案件的全部情況有比較清楚的認識和了解，對于案件中存在的疑難問題、專業技術問題以及法律問題都有比較全面的認識，顯然法官委托鑒定可能有更強的針對性，提供的材料更加客觀、真實、全面。因此，從鑒定程序的啟動上看，司法鑒定優于醫療鑒定。
二、鑒定人員的組成不同
根據《醫療事故處理條例》的規定，省、市兩級醫學會分別組建轄區范圍內的醫學專家庫，由雙方當事人從專家庫中抽簽選擇醫學專家參加醫學鑒定，鑒定人員是都具有高級技術職稱的醫學專家。
而司法鑒定是由司法鑒定機構組織兩名以上具備司法鑒定人資格的法醫學專家主持鑒定，同時可特邀或聘請臨床醫學專家參加鑒定。
醫學鑒定和司法鑒定都有臨床醫學專家的參與，所不同的是，參加鑒定的醫學專家數量的多少和在鑒定中的主次地位。因此，醫學鑒定、司法鑒定各有利弊。但是，鑒定畢竟是一項法律服務的特殊工作，有特殊的鑒定思維和鑒定方法。這其中還涉及法律問題、證據審查和甄別以及事實認定等問題。因此，單純的臨床醫學專家開展鑒定很難讓鑒定做得完美。
在國外有些發達國家雖然沒有醫療事故技術鑒定制度，但是他們有類似的一些做法，比如專家聽證仲裁制度等。一般主持聽證的都是醫學專家，同時邀請醫療律師到場作法律指導。從這個角度看，從事司法鑒定的法醫能夠將醫學知識與法律結合的更融洽。
三、鑒定的組織者不同
鑒定是一種依照法律規定，有組織、有秩序進行的社會行為。強調鑒定的法律程序性，不得違反公平、公正和科學的原則，任何影響公正的因素都可能影響鑒定的效力。因此，鑒定的組織者也是鑒定中的一個重要因素。
根據《醫療事故處理條例》和《醫療事故技術鑒定暫行辦法》的規定，醫學鑒定由醫學會負責組織。一方面醫學會組建本轄區的專家庫；另一方面，由醫學會設立醫學鑒定辦公室承擔鑒定事務。醫學會在整個醫學鑒定過程中扮演了組織者的角色。
司法鑒定的組織者是司法鑒定機構，其在鑒定中的功能與作用，與醫學會相比并沒有明顯的差別。但是司法鑒定機構與醫學會二者，在與醫療機構的關系上卻有明顯的不同。
醫學會雖然是一個獨立的社會團體，但他由于在衛生行政機關掛靠，由政府出資設立，并由當地衛生行政官員管理，實質上它與衛生行政機關及醫療機構有著千絲萬縷的聯系，一些醫療機構及其醫務人員就是醫學會的會員（單位）。而司法鑒定機構隸屬于不同的司法機關，是在司法行政機關登記注冊并受其監督的公益性社會組織，其與醫療機構的組織關系相對松散，受到醫療機構的影響相對較少。因此，在醫療事故處理的過程中受到患者及其家屬的青睞。
四、鑒定的內容和鑒定所要解決的問題不同
這是兩種鑒定最根本的不同點，也是司法鑒定在訴訟中更多地為法官采信的原因。
前文已經介紹過了，鑒定的目的就是要解決行政處理和司法裁判過程中的一些疑難專業技術問題。在一般的訴訟中，法官可以比較明確地向鑒定人提出鑒定需要解決的問題，司法鑒定機構的鑒定人員由于具有專門的鑒定知識和經驗，又有法律知識，長期與司法人員接觸，因而比較容易理解法官所提出的鑒定目的，從而能夠有針對性地完成鑒定任務，彌補法官在審判案件中醫學專業知識不足的缺陷，盡可能的使案件科學、公正的裁判。
在涉及民事賠償的醫療糾紛訴訟案件中，如果當事人沒有特別強調違約問題，目前一般是將醫療損害事件作為侵權糾紛來處理。因此，法官需要解決的問題是醫療損害事件是否符合侵權責任構成的四個要件：
1、損害行為，通俗講，就是醫院在治療、搶救的過程中存在的醫療過錯行為。這里需要提醒廣大患者及其家屬，這里所講的過錯行為是現實存在、并且可以用相關證據證明的“過錯行為”。對于這個問題，患者及其家屬作為受害人，千萬不要“想當然”！
我們在日常接待患者及其家屬的咨詢時，有很多患者家屬問我：“我們家的親屬到醫院搶救不到五分鐘就死亡了，醫院一定有責任！”。像這樣的“理由和依據”，無論是醫療訴訟或者是鑒定，都是站不住腳的，根本就是不堪一擊的。如果患者及其家屬對于醫療技術問題確實不懂，你可以攜帶相關資料找專業醫療律師咨詢相關事宜，如果在你的周圍找不到專業的醫療律師的，你可以先找醫療相關專業的醫師，先看看病歷資料，聽一聽家屬見到的醫療、搶救的過程，讓他們憑借自己的專業經驗，給你們分析一下意見。如果要走醫療訴訟或者鑒定，應當是一個很慎重的過程，希望患者及其家屬在有了充分準備的情況下，再決定下一步采取的方式。
2、損害結果，就是給患者及其家屬造成的功能障礙、器官缺損、身體殘疾、患者死亡的結果；如果患者及其家屬手頭上有“診斷證明”、相關檢查“報告”。可以客觀的證明受到的損害后果的，就可以作為損害后果的證據。
3、損害行為與損害結果之間是否具有因果關系；這是醫療糾紛中的核心和難點，由于患者到醫院進行治療時本身就是存在其他疾病的，怎樣區別損害后果是由于原發疾病造成的，還是醫院的醫療損害造成的，需要通過鑒定來區別，再劃分責任大小。在法律的責任劃分上講求“直接的因果關系”，也就是說，患者的傷害后果就是由于醫院的醫療過錯行為造成的，在能夠確定這樣的情況下，醫療機構就應當承擔相應的法律責任。
4、醫療行為本身是否具有過錯。該條應當說是屬于“結論性”的了。在判定上需要醫療專業技術的支持。
而其后3、4兩個要件，由于醫療行為的特殊性和專業性，法官難以判斷真偽，即使醫療機構對這兩個問題進行舉證，法官也難以從醫療機構提供的證據中做出正確的判斷。因此，法官更多地需要專業鑒定機構來解決這些問題。司法鑒定正是滿足了法官的這一要求，在鑒定中著重解決醫療行為是否具有過錯，過錯的醫療行為與損害后果之間是否具有因果關系。
但是，醫療事故鑒定卻難以解決問題。雖然根據《醫療事故處理條例》和《醫療事故鑒定辦法》的規定，醫學會專家組做出的鑒定應當包括上述特定內容。但是，由于傳統思維和衛生行政處理的特定要求的原因，目前醫學會做出的鑒定結論仍然只注重是否屬于醫療事故；如果構成醫療事故的，醫療事故的級別等等。這就使得醫學鑒定不能滿足司法審判的需要，導致法官不得不重新啟動司法鑒定程序。
五、鑒定的監督機制不同
鑒定的監督包括對鑒定人的一般監督和具體鑒定行為的監督，還包括具體鑒定作出的事后監督。鑒定的監督直接關系到鑒定的客觀、公正和科學性。因此，鑒定的監督機制也是影響鑒定的重要因素。是體現其“公信力”的標準。
醫學鑒定的監督，主要有三個方面：
1、醫學會對鑒定專家資格審查的事前一般性監督；多是“資格與資質”審查，錄入專家庫等等。
2、衛生行政機關對鑒定專家組出具的鑒定文書進行審查；留樣備份、編號、存檔等等。
3、上級醫學會鑒定專家組進行再次鑒定；通常就是當事人對初次鑒定結果不服，再次申請省級醫療事故鑒定，由上一級的醫療事故鑒定機構重新做出醫療事故鑒定結論。按照醫療事故鑒定規則，有兩級醫療事故鑒定結論的，以最后一次的鑒定結論為準。這就是上級醫學會鑒定專家組對下級醫學會鑒定專家組的監督機制。
司法鑒定的監督，主要是行政監督和司法監督兩個方面：
所謂行政監督，是指有行政管理權的機關對司法鑒定人及其所在的司法鑒定機構的監督管理。也包括鑒定人所在的司法鑒定機構對鑒定人的監督管理。這種管理帶有明顯的行政強制性，監督的力度比較大，也比較有效。
司法監督主要是通過法庭對鑒定人提交的鑒定報告的審查，鑒定人出庭質證、對質等方式來完成。直接關系到鑒定結論的效力和鑒定人的信譽，因而這種監督也是對鑒定人鑒定能力、鑒定資質、鑒定水平等諸多因素的考察。
從醫療法律實務上看，鑒定結論是否經過法庭質證，將會直接關系到鑒定的效力。根據我國《訴訟法》和《訴訟證據規則》的規定，鑒定結論必須當庭出示并接受雙方當事人質證，沒有經過質證的鑒定結論不能作為定案依據。而醫療糾紛當事人一方或者雙方要求鑒定人出庭接受質詢，鑒定人如果沒有出庭的，就可能影響到質證的效果，從而影響鑒定的證據效力。
相比較而言，醫學鑒定的監督力度顯然要弱得多，而且沒有相應的監督保障措施，這也在一定程度上影響到鑒定的效力。甚至在訴訟中會出現，患者及其家屬會強烈反對醫療事故鑒定的情況。即便是在醫療事故鑒定中，已經定性為醫療事故的，由于患者及其家屬對于事故級別的判定不滿意，要求再行司法鑒定的要求。
另外，從程序的嚴肅性上講，司法鑒定的鑒定書（鑒定報告）都要求有鑒定人的簽字規定，而醫療事故鑒定卻出現沒有鑒定專家的親筆簽字，不符合訴訟法基本的要求。醫療事故鑒定的“集體負責制”會發生集體都不負責的尷尬局面。倘若，鑒定人的責任心不強，當事人就會對其鑒定結論的“信服力”大打折扣。從利益關系上看，當地醫學會及其抽取的專家庫的醫師，在確定是否構成醫療事故時，還可能會考慮到《醫療事故處理條例》關于“構成醫療事故須報國家衛生部”的規定，這對其醫院及院長政績的影響是很大的。所以，醫療事故鑒定專家在做出鑒定結論的時候，往往很“謹慎”。
從上面的敘述和比較中我們不難看出，醫療事故鑒定是衛生行政部門處理醫療事故的一個環節，而司法鑒定則是司法機關（尤其是在醫療糾紛訴訟中）公斷醫療糾紛案件的常規程序。從司法鑒定與醫療鑒定的區別中不難看出司法鑒定優于醫療鑒定。從“公信力”上看司法鑒定也優于醫療鑒定。
從醫療糾紛的法律實務上看，在鑒定方式的選擇上，如果是以“人身傷害”起訴的，則在訴訟程序中必然要做人身傷害的司法鑒定。如果鑒定結論認定為有“人身傷害的過錯行為”的，那么按照人身損害的賠償數額，通常情況下是高于通過醫療事故鑒定為事故，應當賠償的數額的。從這個意義上講，無論是鑒定的公正性，還是從賠償數額的衡量，司法鑒定程序對患者及其家屬更為有利。
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