1801年1月20日，亞當斯總統任命國務卿約翰·馬歇爾出任最高法院首席大法官。參議院批準后，馬歇爾于2月4日正式到職赴任，但他仍然代理國務卿職務。

同時聯邦黨人控制的國會又通過了《哥倫比亞特區組織法》正式建立首都華盛頓特區市，并授權亞當斯總統任命特區內42名治安法官，任期5年。1801年3月2日，亞當斯總統提名清一色的聯邦黨人出任治安法官，馬伯里身列任命名單之中。第二天，即亞當斯總統卸任的當天（1801年3月3日）夜里，即將換屆的參議院匆匆忙忙地批準了對42位治安法官的任命。后人把這批法官挖苦為午夜法官。

當時正是新舊總統交接之際，約翰·馬歇爾一面要向新國務卿交接，一面又要準備以首席大法官的身份主持新總統的宣誓就職儀式，結果因疏忽和忙亂，竟然還有十七份委任令在馬歇爾卸任之前沒能及時發送出去，而馬伯里恰好身列這撥倒霉蛋之中。

對于聯邦黨人在權力交接前夜大搞以黨劃線、突擊提干的損招兒，新上任的民主共和黨總統杰弗遜早已深感不滿。當聽說有一些聯邦黨人法官委任狀滯留在國務院之后，他立刻命令新任國務卿詹姆斯·麥迪遜扣押了這批委任狀，并示意麥迪遜將它們“如同辦公室的廢紙、垃圾一樣處理掉”。

接著，針對聯邦黨人國會在換屆前夜的立法，民主共和黨人控制的新國會針鋒相對，以牙還牙，于1802年3月8日通過了《1802年司法條例》廢除了《1801年司法條例》中增設聯邦巡回法院的規定，砸了16位新任聯邦法官的飯碗。

馬伯里雖然家財萬貫，但是不明不白地丟失了法官職位，他覺得實在太冤，非要討個說法不可。

于是，馬伯里聘請曾任亞當斯總統內閣總檢察長的查爾斯·李為律師，一張狀紙把國務卿麥迪遜告到了最高法院。

他們起訴的根據源自《1789年司法條例》第13款，要求最高法院下達執行令，命令麥迪遜按法律程序交出委任狀，以便自己能走馬上任。

麥迪遜請內閣總檢察長萊維·林肯出任自己的辯護律師。林肯接了案子以后竟然連法院都懶得去，只是寫了一份書面爭辯送交最高法院，聲稱馬伯里訴麥迪遜案是一個涉及黨派權力斗爭的政治問題，最高法院管不著這種根本就扯不清楚的黨派斗爭。

馬歇爾大法官以最高法院的名義致函國務卿麥迪遜，要求他解釋扣押委任狀的原因。誰料想，麥迪遜對馬歇爾的信函根本就不予理睬。

因為在三權分立中，最高法院既無軍權，又無財權，不能支配社會力量與財富，不能采取任何主動行動，是三權中最弱的。

馬歇爾大法官陷入了一種左右為難、必輸無疑的兩難困境，他當然可以正式簽發一項執行令，命令麥迪遜按照法律程序發出委任狀。但麥迪遜有總統兼美軍總司令杰弗遜撐腰，他對最高法院下達的執行令置若罔聞。這樣會進一步削弱最高法院的司法權威。

可是，如果馬歇爾拒絕馬伯里合理的訴訟要求，那就等于主動認輸，承認最高法院缺乏權威，也使使最高法院顏面掃地。

1803年2月24日，最高法官以5比0的票數對馬伯里訴麥迪遜案作出裁決，首席大法官馬歇爾主持宣布了法院判決書。

第一，馬歇爾指出：“既然馬伯里先生的委任狀已由由總統簽署，并且由國務卿加蓋了國璽，那么，他就已經被任命了；因為創設該職位的法律賦予該官員任職5年，不受行政機關干預的權利，所以，這項任命是不可撤銷的，而且賦予該官員各項法律上的權利，受到國家法律的保護”。

第二，馬歇爾論證說：“每一個人受到侵害時都有權要求法律的保護，政府的一個首要責任就是提供這種保護。合眾國政府被宣稱為法治政府，而非人治政府。如果它的法律對于侵犯所賦予的法律權利不提供救濟，它當然就不值得這個高尚的稱號。”

第三，馬歇爾引證憲法第3條第2款說：馬伯里應當去聯邦地方法院去控告麥迪遜。如果此案最終從地方法院逐級上訴到最高法院，那時最高法院才有權開庭審理。

第四，馬歇爾解釋說：起訴人根據的《1789年司法條例》第13款與憲法相互沖突，因為它在規定最高法院有權向政府官員發出執行令時，實際上是擴大了憲法明文規定的最高法院司法管轄權限。如果最高法院執行《1789年司法條例》第13款，那就等于公開承認國會可以任意擴大或者縮小憲法明確授予最高法院的權力。

馬歇爾認為，此案的關鍵性問題在于“是由憲法控制任何與其不符的立法，還是立法機構可以通過一項尋常法律來改變憲法。在這兩種選擇之間沒有中間道路。憲法或者是至高無上，或者它與普通法律處于同一水準，可以當立法機構高興時被改變。如果是前者，那么與憲法相互沖突的立法法案就不是法律；如果是后者，那么成文憲法就成為人們的荒謬企圖，被用來限制一種本質上不可限制的權力。”話說到此，憲法的神圣性已呼之欲出。

接著，馬歇爾斬釘截鐵地指出：“憲法構成國家的根本法和最高的法律”，“違反憲法的法律是無效的”，“斷定什么是法律顯然是司法部門的職權和責任”。如果法官不承擔起維護憲法的責任，就違背了立法機構所規定的就職宣誓，“規定或從事這種宣誓也同樣成為犯罪。”

據此，馬歇爾正式宣布：《1789年司法條例》第13款因違憲而被取消。這是美國最高法院歷史上第一次宣布聯邦法律違憲。

從表面上看，聯邦黨人馬伯里沒當成法官，麥迪遜國務卿也沒送出扣押的法官委任令，馬歇爾似乎輸了這個官司。但實際上，馬歇爾是此案真正的大贏家。

馬歇爾通過此案向國家立法機構國會宣布：不僅憲法高于一切法律，而且判定法律本身是否符合憲法這個至關重要的權力也與立法部門無關。換句話說，立法機構不得隨意立法，只有最高法院才是一切與法律有關問題的最終仲裁者。

馬歇爾通過此案向國家最高行政部門宣布：憲法的最終解釋權屬于司法部門。因此，司法部門有權判定行政當局的行為和行政命令是否違憲，有權對行政當局的違憲行為和命令予以制裁。

美國獨立后27年，美國三權相互制衡實踐到此時才真正成形。

因此，政治核心不是專政，不是東風壓倒西風，不是一言堂，而是制衡，是妥協，是多元權利利益的平衡。

其實從一開始亞當斯總統就有私心，趕在離任前一晚任命了清一色的聯邦黨人治安法官，才有杰斐遜和麥迪遜等民主共和黨人的不滿，而引發此案。

作為聯邦黨人的馬歇爾懂得妥協，從國家利益出發，從制憲先賢的憲政精神中推論出違憲審查這一影響世界的法律思想。

美國在往后200多年中，此案例被引用100多次，違憲審查136項法律無效，成為美國經典案例之一。