一、法律和司法解釋規定的計算方法
在確定了賠償的原則、明確了賠償的范圍后，司法實踐中對損害賠償的具體計算就是關鍵問題。知識產權侵權損害賠償的計算方法，散見于各個知識產權法、法規和司法解釋中。這些計算方法主要有：
1、專利侵權的損失賠償的計算方法，有三種：
1)以專利權人因侵權行為受到的實際經濟損失作為損失賠償額，即侵權人的侵權產品在市場上銷售使專利權人的專利產品的銷售量下降，其銷售量減少的總數乘以每件專利產品的利潤所得之積。
2)以侵權人因侵權行為獲得的全部利潤作為損失的賠償額，即侵權人從每件侵權產品獲得的利潤乘以在市場上銷售的總數所得之積。
3)以不低于專利許可使用費的合理數額作為損失賠償額。對于上述三種計算方法，人民法院可以根據案情的不同情況選擇適用。
4)當事人雙方商定用其他計算方法計算損失賠償額的，只要是公平合理的，人民法院可予準許。
2、商標侵權的損失賠償的計算方法有兩種。(1)按被侵權人所受的實際損失額請求賠償;(2)將侵權人在侵權期間因侵權所獲的利潤指成本外的所有利潤作為賠償額。
3、對著作權侵權的損害賠償，著作權法僅規定了侵權造成損失應當負賠償民事責任的原則。一般認為著作權侵權損害賠償范圍，應當包括侵權行為所造成的直接損失和間接損失如商業信譽損失，必要用于訴訟的費用等。賠償的數額，應將侵權人的非法所得與被侵權人通常行使著作權或與著作鄰接權收益接合起來考慮確定。
4、反不正當競爭損失賠償的計算有兩種。
1)按被侵害的經營者的損失計算賠償，該損失范圍應當包括被侵害的經營者因調查該經營者侵害其合法權益的不正當競爭行為所支付的合理費用;
2)受侵害的經營者損失難以計算的，賠償數額為侵權人在侵權期間因侵權所獲得的利潤，以及被侵害的經營者因調查該經營者侵害其合法權益的不正當競爭行為所支付的合理費用。
二、審判實踐中還適用的計算方法
除上述規定以外，各地人民法院在審判知識產權侵權案件實踐中還創造積累了其他一些賠償的計算方法。
這些關于賠償計算方法的規定和經驗，不僅涉及了賠償的計算方法，還顯然包括了賠償的其他問題，如賠償范圍、計算方法適用的順序等等。概括以上法律或司法解釋關于賠償計算方法的規定，除去當事人自愿達成按照其他方法計算賠償額外，知識產權侵權損害賠償額的計算應當主要從三個方面掌握：一是權利人的實際損失;二是侵權人的非法獲利;三是受到侵犯的知識產權公平合理的使用費或轉讓費。
侵權行為造成的實際損失，應當是損害賠償計算的中心。任何一種方法都不能脫離實際損失或者損害事實而單獨存在，否則就成了無源之水、無本之木。之所以是中心，就在于損害事實是侵權損害賠償構成的首要條件。法律即使規定了法定賠償制度，法定賠償額標準的制定依然應當以權利人的實際損失作為基礎和依托，然后再考慮知識產權的市場因素、社會經濟發展水平和侵權狀況等諸多因素來決定。
應當指出，知識產權侵權損害的實際損失應當由受害人提出，并舉證證明。因為只有受害人自己最了解自己損失的情況，請求賠償的請求權也只有由其自己行使和提出才導致一定的法律后果，開始一定法律程序。對方當事人與人民法院不承擔對原告損害事實的證明責任。即使在舉證責任倒置的情形下，損害事實的舉證責任也不會轉移為侵權人的舉證責任。受害人作為原告提出的實際損失證明，經過法庭質證、辯論后，查證屬實的予以認定，不屬實或部分不屬實的，不予認定或部分不予認定。對于雖有侵權行為但沒有實際損失的，應當適用停止侵權等其他的民事責任形式，而不應當適用賠償的民事責任形式。對于有最低賠償額規定的，方可予以不問實際損失按照最低賠償額予以賠償。
概括起來，對實際損失的計算方法，主要有以下幾種：
(一)以權利通常、合理的轉讓費、使用費、許可費等收益報酬作為標準進行賠償。
知識產權的使用費、轉讓費等一般有關主管部門都有一定的標準，或者當事人之間存有可以比照的合同標準，以及同行業、同等水平的其他單位的使用費標準。這些標準一般是客觀的，不會受到當事人之間糾紛因素的影響。如專利權的轉讓費、使用費，著作權的稿酬、著作財產權的轉讓費，商標的許可使用費，技術秘密的轉讓費、使用費等等。
據一位德國知識產權專家介紹，德國的法官在處理知識產權侵權損害賠償時最常用的辦法就是以被侵害的權利的使用費作為賠償金進行賠償，他們認為這是最簡潔、最易操作，也是公平、合理的賠償方法。
(二)以權利人知識產權產品或作品的載體銷售量在被侵權期間下降或減少的數額乘每件權利產品或正版作品載體利潤之積，作為賠償額。
(三)以侵權人在侵權期間實施侵權行為所獲扣除稅收等合理成本的全部利潤。如侵犯商標權、著作權、商業秘密等案件均可適用。
(四)以權利人每件權利產品合理的平均利潤或該行業該產品的每件平均利潤，與侵權人侵權產品數量之積作為賠償數額。專利、商標、計算機軟件等侵權案件賠償均可適用。此種方法對侵權人經審計虧損或利潤過少致使賠償額過低的情形使用很有效。
(五)以版稅率與總碼洋(總預售額即單價承以印刷冊數)之乘積作為賠償額，參考的版稅率根據不同情況一般為6%-15%掌握。著作權侵權案件可以適用。
(六)為調查和制止侵權行為而支出的合理費用，包括律師代理費、權利人為購買侵權商品證據的支出、為收集證據而作的證據保全公證費用、為審查證據購買的設備、消除侵權影響費廣告、合理的差旅費等。
(七)發行侵權圖書的總金額減去合理的成本印刷成本和稅金所得的數額，加上其合理銀行利息。適用于圖書出版侵權案件。
(八)侵權行為人所獲得的利潤作為賠償數額計算，視具體案情經營費用不作為合理成本扣除。
三、對知識產權中人身權的賠償
對知識產權人身精神權益的精神損害賠償數額的確定，應當掌握以下要點：
(一)知識產權的精神損害賠償只能限定在對知識產權人身精神權益的損害，即主要是對著作人身權的損害賠償以及不正當競爭糾紛中涉及公民、法人姓名權、名稱權等商譽的損害賠償。超出此范圍不適用精神損害賠償。
(二)對知識產權精神損害應當根據損害的情況首先適用其他民事責任方式，如停止侵害、公開賠禮道歉、消除影響、恢復名譽等非財產責任方式。僅對情節嚴重，使用非財產責任形式明顯不足以保護受害人的精神權益時，才適用精神損害賠償。
(三) 對精神損害賠償數額的確定，主要由法官根據侵權情節、損害后果、當地的經濟與文化水平，以及受害人與侵權人的情況等因素斟酌確定。受害人包括公民、法人或其他組織的情況主要包括：受害人的職業、社會知名度和影響力、商譽狀況、經濟狀況等。這些情況通常與受害人所遭受的精神損害結果有一定聯系。侵權人的情況主要包括：侵權人的主觀過錯程度如是故意或過失、侵權具體情節、認錯態度、經濟負擔能力等。
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