運輸業務往往同混合銷售、兼營行為一起發生，對其籌劃就要處理好三者的關系。
政策誤區
以自有貨車從事貨物運輸業務的生產企業，在納稅籌劃中，最容易發生的是混淆兼營和混合銷售的界限，僅從稅負的高低考慮，將銷售本企業產品時發生的運輸費用從貨物銷售收入中分割出去，按兼營方式分別核算銷售額，將運輸費用按營業稅應稅勞務申報繳納。這樣做不僅達不到降低稅負的目的，反而會造成納稅風險。因為以自有車輛運輸本企業銷售貨物的行為，屬于混合銷售業務，而非兼營業務，其運輸環節的收入不論是否單獨核算，都應并入貨物銷售額中繳納增值稅。
此外，雖然企業有兼營運輸業務的項目，但與貨物購買方僅簽訂一份包括運輸收入的產品銷售合同，在進行會計賬務處理時，人為地將貨物銷售額扣除一部分，作為運輸收入單獨核算繳納營業稅，這樣做也會形成納稅風險。稅務機關往往會將其視為混合銷售，要求繳納增值稅。
多角度考慮
首先，從整體收益角度考慮是否需要成立獨立的運輸公司。
生產企業自有車輛，為避免混合銷售業務繳納增值稅，可以根據運輸車輛的多少及運輸業務的大小，從整體收益角度進行論證，看是否可以通過設立運輸公司節稅。如果生產企業將自有車輛單獨成立運輸公司，生產公司銷售貨物指定該運輸公司負責，生產公司與運輸公司簽訂貨物運輸合同，與購貨單位簽訂購銷合同。這樣，運輸公司只需繳納3％的營業稅，而生產企業則可抵扣運輸費7％的增值稅，企業可節稅4％。若不設立運輸公司，車輛的物耗則作增值稅扣除。假設車輛可抵扣物耗金額為m，則物耗可抵扣稅金為17％m，設銷售額為n，扣稅平衡點為m＝4％n÷17％＝23.53％n，而n＜23.53％n時，設立運輸公司則有節稅空間。
一般情況下，當自有車輛可抵扣的物耗大于23.53％時，自有車輛無需獨立；若自有車輛可抵扣的物耗小于23.53％時，可以考慮成立運輸公司。但成立運輸公司會有各種費用發生，如開辦費、人工費等。所以，就生產企業來講，是否以自有車輛設立運輸公司，要看運輸業務量，特別要計算對內的運輸業務所產生的節稅收益，是否能保證運輸公司的基本費用開支。
如某企業為增值稅的一般納稅人，主要生產并銷售大米。2002年，為節省運輸成本，公司購置了一批車輛。當年公司銷售額為5000萬元（不含稅），在銷售大米的過程中，產生的運輸費用為500萬元。會計主管為節省稅金，將運輸業務視為兼營業務進行獨立核算，繳納營業稅。而該企業本年度增值稅進項稅額為455萬元，其中運輸車輛物耗可抵扣稅金為30萬元。
該企業計算本年度應納流轉稅為：
5000×13％－455－500×3％＝210（萬元）。
根據以上的分析，該企業對應納稅金正確的計算方法為：（5000＋500／1.13）×13％－455＝252.5（萬元）從節稅考慮，該企業應成立運輸公司，獨立核算。
企業應納增值稅為：5000×13％－（455－30＋500×7％）＝190（萬元）。
運輸公司應納營業稅為：500×3％＝15（萬元）。
以上方案共繳納稅金205萬元，比企業不成立運輸公司的情況下少繳稅金47.5萬元。這主要就是車輛可抵扣物耗金額176萬元，所占銷售額的比例遠遠小于23.53％，從支付運輸方式的角度對運輸業務進行籌劃。
企業無自有車輛，請外面的運輸公司運輸貨物，這類業務的付費方式分為支付運費或代購貨方墊付運費兩種形式。如果要降低稅負，可以采用代墊運費的方式。企業以正常的產品價格與購貨方簽訂產品購銷合同，并商定，運輸公司的運輸發票直接開給購貨方，并由企業將該發票轉交給購貨方，企業為購貨方代墊運費。此外，與運輸公司簽訂代辦運輸合同，企業在貨物運到后向運輸公司支付代墊運費。這樣，企業就可以節省運費收入10％的稅金。
如某生產水泥的企業（增值稅的一般納稅人）與購貨方簽訂銷售合同，水泥以280元／噸賣給購貨方（包含35元／噸運輸費用）。該企業每年銷售水泥10萬噸。該企業沒有運輸車輛，請運輸公司以35元／噸的價格運送。企業進項稅額為180萬元（不含運輸發票可抵扣的進項稅額）。
按這種方式，企業應納增值稅為：100000×280×17％－（1800000＋100000×35×7％）＝271.5（萬元）。
如果企業和運輸公司以代墊運費的方式簽訂運輸合同，每噸價格為35元，同時對原銷售合同進行修改，將代墊運費從銷售價格中分離出來，水泥每噸價格從280元降為245元。這樣處理后，企業整體利潤并未減少，卻可節約稅金35萬元。
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